Berikut adalah Sistem Pembelajaran Pondok Pesantren Babussalam Kuala Kapuas berdasarkan jenjang satuan pendidikan:
1. TK Islam Terpadu Babussalam
Kurikulum yang digunakan untuk jenjang TK adalah Kurikumlum Merdeka yang dipadukan dengan Kurikulum Pesantren. Jumlah Guru di TK Islam terpadu Babussalam adalah 8 orang.
2. SD Islam Babussalam
Untuk Mata Pelajaran Umum menggunakan sistem Guru Kelas dengan Kurikulum Merdeka. Akan tetapi untuk pendidikan Pondok Pesantren menggunakan menggunakan sistem Guru Mata Pelajaran. Mata Pelajaran Pesantren yang diajarkan yaitu dasar-dasar pendidikan Agama Islam dengan menggunakan Kitab-kitab yang sederhana/mendasar. Adapun Guru SD Islam Babussalam berjumlah 20 orang.
3. SMP Islam Terpadu Babussalam
Sama halnya dengan SD, SMP Islam Terpadu Babussalam untuk pendidikan formalnya menggunakaan Kurikulum Merdeka, dan untuk mata pelajaran pondok pesantrennya menggunakan kurikulum tersendiri. Mata Pelajaran Pondok Pesantren menggunakan kitab-kitab menengah, yakni kitab-kitab yang berbahasa arab, akan tetapi masih menggunakan harakat (baris). SMP IT Babussalam memiliki guru berjumlah 19 orang.
4. SMA Islam Terpadu Babussalam
SMA Islam Terpadu Babussalam menggunakan kurikulum terpadu, yaitu perpaduan kurikulum nasional (merdeka) yang dipadukan dengan kurikulum pondok pesantren. Untuk Mata Pelajaran Umum sama saja dengan sekolah formal lainnya, akan tetapi untuk Mata Pelajaran Pesantren menggunakan sistem tersendiri. Kitab-kitab yang digunakan untuk mata pelajaran pesantren pad tingkat SMA ini menggunakan kitab-kitab yang biasanya digunakan oleh pesantren lainnya. Adapun kitab yang digunakan adalah kitab-kitab klasik berbahasa arab yang sebagian besar tanpa harakat (tanpa baris). Guru SMA Islam Terpadu Babussalam berjumlah 18 orang.